Летняя школа по биоинформатике в исследованиях рака прошла 23–28 июля в Санкт-Петербурге

Летняя школа по биоинформатике — это шестидневный интенсив, в котором участвуют 100 студентов, аспирантов и молодых учёных физико-математических, компьютерных и биологических специальностей. Школа проходила на русском языке.

Главной темой этого года была биоинформатика в исследованиях рака — одной из самых распространенных болезней в мире. Сейчас с помощью методов биоинформатики возможно выявлять среди большого количества данных не только изменения генома, которые способствуют возникновению разных типов рака, но и факторы, которые ускоряют или замедляют этот процесс.

На летнюю школу было подано более 450 заявок из России и стран ближнего и дальнего зарубежья. Среди отобранных на два равных потока участников — биологов и информатиков — представители 5 стран и 30 городов.

В течение шести дней участники слушали лекции про молекулярную биологию и генетику, биоинформатику и ее применение в диагностике и изучении рака, узнали, как научные группы мира объединяют свои усилия в изучении геномики и эпигеномики рака и многое другое.

Помимо этого, участники школы сразу применяли полученные знания на практических занятиях по обработке данных на языке Python и в статистической среде R, построению пайплайнов и моделированию белковых молекул, а также слушали про визуализацию полученных данных, построение карьеры в биоинформатике и подготовку научного резюме.

Среди приглашенных лекторов были учёные из России, такие так Алла Лапидус (Центр алгоритмической биотехнологии СПбГУ), Михаил Пятницкий (НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича), Алексей Сергушичев (Университет ИТМО), а также представители биоинформатических лабораторий из университетов Европы и США: Константин Зайцев (Washington University in St.Louis), Герман Демидов (Barcelona Institute of Science and Technology/ Universitat Pompeu Fabra), Константин Оконечников (German Cancer Research Center), Павел Синицын (Max Planck Institute of Biochemistry), Илья Минкин (The Pennsylvania State University) и другие.

Для наиболее опытных участников была организована работа над научными проектами в формате хакатона. Каждый проект выполнялся командой биологов и информатиков и был продолжением одного из практических интенсивов. При желании участники могли выполнять более одного проекта.

В 2018 году летнюю школу по биоинформатике поддерживали компании JetBrains, BIOCAD и EPAM. Лекции записывались на видео и будут выложены на YouTube канале Института биоинформатики.